Au terme d’une longue procédure juridique entamée par Régie Networks en 2004, l’État français a été contraint de rembourser à NRJ Group la somme de 4.4 millions d’euros qui avait été versée par le groupe radiophonique au titre de la taxe parafiscale destinée à alimenter le FSER. Cette taxe, prélevée sur les recettes publicitaires des stations de radio et télévision et permet d’assurer le financement des radios associatives françaises. Cette taxe parafiscale a été instaurée par le décret du 29 décembre 1997 et avait reçu l’aval de la Commission Européenne. Cette dernière avait estimé que « au regard notamment des caractéristiques même des bénéficiaires de ces soutiens (stations de petite taille et à audience locale), la concurrence et les échanges intracommunautaires ne paraissaient pas devoir être affectés dans une mesure contraire à l’intérêt commun ». Selon le quotidien économique La Tribune qui a révélé cette information dans son édition du mercredi 11 août, ce remboursement porte sur les sommes versées par le groupe de Jean-Paul Baudecroux au titre de cette taxe entre 2001 et 2003.
Selon l’arrêt de la Cour européenne de justice que RadioActu s’est procuré, le remboursement de cette somme intervient après une procédure de plusieurs années. Tout commence en 2004, lorsque Régie Networks, la régie publicitaire locale du groupe NRJ, devenue depuis NRJ Global, réclame le remboursement de la somme de 152 524 euros versée au titre du FSER en 2001. Faute de réponse de l’administration dans le délai légal, Régie Networks porte le litige devant le tribunal administratif de Lyon qui rejette le recours de Régie Newtorks. Cette dernière fait appel devant la cour administrative d’appel de Lyon, qui s’est tournée vers la Cour européenne de justice. Régie Networks estime notamment que « la taxe parafiscale serait incompatible avec le marché commun, au motif que les produits et services importés doivent être exonérés de toute taxe fiscale destinée à financer un régime d’aides dont seules bénéficient les entreprises nationales ».
Or, cette taxe est également perçue sur la publicité radiophonique et télévisée diffusée depuis l’étranger, alors que le produit de cette taxe finance un régime d’aides dont seules peuvent bénéficier les stations de radio locale établies en France. Pour sa part, la Cour européenne de justice a estimé que « le mode de financement d’une aide peut rendre l’ensemble du régime d’aides qu’il sert à financer incompatible avec le marché commun ». De son côté, le gouvernement français avait demandé que l’arrêt de la Cour soit limité dans le temps, et ne s’applique qu’aux seules entreprises ayant introduit un recours en justice. En l’occurrence, seul le groupe NRJ bénéficie de l’arrêt par le Cour européenne de justice, les autres groupes français ayant refusé de se joindre à cette action en justice. Par ailleurs, le gouvernement français a demandé à la Cour européenne de justice de ne pas faire obligation de récupérer les montants concernés auprès du FSER et des stations de radio, estimant qu’une telle décision « risquerait de mettre en péril les finances et l’existence même de ceux-ci, et pourrait constituer une menace pour la pluralité des médias ». La Cour européenne de justice a donc invalidé la taxe parafiscale destinée à alimenter le FSER entre 1998 et 2002, et a ordonné à la Commission européenne d’adopter une nouvelle décision corrigeant le problème juridique soulevé par le mode de financement du FSER.
